话说刘裕定下讨伐桓玄的大计后，便和何无忌假借打猎的名义，暗中召集义士。这一召集，就聚拢了百来号人，其中最有名望的二十多位好汉，除了何无忌、刘毅外，还有这些人物：
刘裕的亲弟弟刘道怜，魏家三兄弟咏之、欣之、顺之，檀家叔侄凭之、祗隆、道济、范之、韶，刘毅的堂弟刘藩，孟昶的族弟孟怀玉，还有向弥、管义之、周安穆、刘蔚、刘珪之、臧熹、臧宝符、臧穆生、童茂宗、周道民、田演、范清等。
这些好汉个个智勇双全，组成先锋队。何无忌假扮成朝廷使者，单枪匹马冲在最前头，一甩马鞭就进了丹徒城，其他人紧随其后。那桓修还蒙在鼓里，听说有钦差到访，赶紧整衣出迎。谁知无忌一见桓修，二话不说，唰地拔出佩刀，当场就结果了他。众人齐声高喊"讨逆"，吓得守城官兵四散奔逃，没一个敢反抗的。
刘裕这时也快马赶到府衙，张贴安民告示，转眼间就稳住了局面。他们把桓修收殓入棺，葬在城外，又找来东莞人刘穆之当主簿。接着派刘毅赶往广陵，通知孟昶和刘道规立即起兵响应。
孟昶和刘道规那边也动了手。他俩假意邀桓弘第二天清早去打猎，天还没亮就带着几十名壮士埋伏在府衙门口。大门一开，众人一拥而入。桓弘正端着碗喝粥呢，道规一个箭步冲上去，手起刀落，桓弘当场毙命。他们立即带着人马渡江，去和刘裕会合。
这时候徐州司马刁弘听说丹徒出事，带着文武官员赶到城下打探消息。刘裕站在城头，故意哄骗他们说："郭江州已经在寻阳迎回圣驾，我们奉了密诏诛杀逆党。桓玄的脑袋，天亮前就会挂在大航示众。各位都是大晋臣子，无缘无故带兵过来，想干什么？"刁弘他们信以为真，连忙退兵。
正巧刘道规、孟昶带着千把人从广陵赶来。刘裕立即派刘毅追击刁弘，等刘毅得胜归来，又让他给在建康的兄长刘迈写信，派周安穆送信进京催促起事。原来刘迈正要赴任竟陵太守，接到弟弟的信后左右为难。安穆见他犹豫不决，怕走漏风声，赶紧告辞。连王元德、辛扈兴、童厚之这些同谋都来不及通知。
刘迈正打算连夜乘船赴任避祸，忽然收到桓玄来信，信里问北府军情如何，最近可曾见到刘裕，要他到任后详细汇报。这刘迈做贼心虚，误以为桓玄已经察觉，天一亮就跑去告密。桓玄听说刘裕起兵，吓得面如土色，当场封刘迈为重安侯。可刘迈刚退朝，就有人告发他放走周安穆，桓玄立即把他下狱，连王元德、辛扈兴、童厚之也一并处死。
桓玄急忙召来弟弟桓谦和丹阳尹卞范之商议对策。桓谦主张立即出兵，桓玄却想退守覆舟山。最后拗不过众人坚持，才派吴甫之、皇甫敷领兵北上阻击。
刘裕听说桓玄发兵，更加坚定决心。他自称徐州总督，留下孟昶守京口，集结两州义军一千七百人誓师南下。又让何无忌连夜起草讨逆檄文。
何无忌的母亲刘氏半夜看见儿子写檄文，抹着眼泪说："我比不上当年的吕母，但你能这样为国除奸，我死也瞑目了！"第二天檄文写成，刘裕立即派人四处张贴。檄文大意是说：
自古以来盛衰无常，如今桓玄暴虐更甚于王莽、董卓。他篡位以来天灾不断，百姓流离失所。我等忠义之士椎心泣血，刘毅、何无忌、孟昶等人都已起兵。益州刺史毛璩正扫荡荆楚，江州刺史郭昶之已迎回圣驾。今日斩杀桓修、桓弘，正是为国除害之时。望天下忠义之士共襄义举，还我大晋河山！
那檄文上写得热闹，什么毛璩、郭昶之都归顺了，其实大半是虚张声势。郭昶之哪里真投降了？王元德更是早被杀了。就连诸葛长民也没能守住历阳，不过是谣言传得厉害罢了。可就是这些风声，也够让中原人心振奋，让那些乱臣贼子吓破胆。
桓玄自从刘裕起兵，天天担惊受怕。有人劝他："刘裕那帮人不过是乌合之众，成不了气候，有什么好怕的？"桓玄摇着头说："刘裕是当世英雄，刘毅家里穷得叮当响，可赌钱时一掷就是百万。何无忌那小子跟他舅舅一个脾气。这些人凑在一起造反，能说他们成不了事吗？"这话说得他自己都脸红。
果然坏消息一个接一个传来。吴甫之战死在江乘，皇甫敷败亡在罗洛桥，而刘裕那边只折了个檀凭之，反倒越战越勇。桓玄急了，赶紧派桓谦驻守东陵，卞范之屯兵覆舟山西，凑了两万人马。刘裕带兵杀到覆舟山东，让将士们饱餐一顿，把剩下的粮食全扔了，摆出决一死战的架势。
刘毅挺着长矛冲在最前面，刘裕提着刀紧随其后。将士们个个奋勇，一个顶十个，杀声震天。正巧刮来一阵大风，刘裕趁机放火。火借风势，烧得桓谦、卞范之的部队焦头烂额，跟见了鬼似的。桓谦和卞范之掉头就跑，刘裕带兵紧追不舍，几路人马齐头并进。
桓玄早知道挡不住，早早就让殷仲文在石头城准备了船只，随时准备跑路。这会儿听说桓谦兵败，赶紧让儿子桓升骑马出城，在石头城外上了船，顺江南逃。刘裕乘胜追击，一路杀进建康城。
京城没了主子，刘裕贴出安民告示。怕百姓惊慌，他把大营搬到石头城，设立临时朝廷，召集百官，把桓家的祖宗牌位全砸了，换上晋朝皇帝的灵位供进太庙。接着派刘毅等人追击桓玄，又让尚书王嘏带着文武百官去迎接皇帝。
这边开始清算桓家，派臧熹进宫清点财物，封存府库。司徒王谧原本是桓玄的心腹，当初桓玄篡位时，就是他亲手从晋安帝身上解下玉玺献给桓玄的。大家都说他是头号罪人，劝刘裕杀了他。可刘裕念旧情——当年刘裕穷困时，王谧曾替他还过债——到底没忍心下手，还让他继续当官。这未免有些公私不分了。王谧也识相，一个劲儿拍马屁，推举刘裕掌管扬州军务。刘裕推辞了几次，最后让王谧当侍中兼扬州刺史，自己则总管八州军事，兼任徐州刺史。刘毅当了青州刺史，何无忌做琅琊内史，孟昶任丹阳令，刘道规当义昌太守，军国大事都交给刘穆之处理。这么仓促的安排，居然井井有条。
只有诸葛长民误了事，计划泄露被抓。刁逵还不知道建康已经变天，把长民关进囚车，派人押送京城。半路上听说桓玄败逃，建康已是刘裕的地盘，押送的人乐得做顺水人情，放了长民，掉头回历阳。历阳军民趁机造反，围攻刁逵。刁逵突围逃跑，正好撞上长民，被逮个正着。城里追兵赶到，任他刁逵再狡猾，也只能乖乖受缚，押到石头城砍了脑袋。
桓玄逃到寻阳，刺史郭昶之把皇帝的全套仪仗都给了他——可见之前刘裕檄文里说的都是虚张声势。桓玄还自称楚帝，作威作福。后来听说刘毅带兵追来，吓得赶紧派庾雅祖、何澹之守住湓口，自己带着晋安帝和两位皇后（一位是穆帝的何皇后，一位是安帝的王皇后）往西逃往江陵。刘毅和何无忌、刘道规在桑落洲大败何澹之的水军，拿下湓口，攻占寻阳，派人向刘裕报捷。刘裕因为安帝被挟持西去，就推举武陵王司马遵当大将军，住进东宫代行皇帝职权，又命令刘毅继续西进追击桓玄。
桓玄到江陵后，凑了两万荆州兵，又挟持安帝东下。走到峥嵘洲，正碰上刘毅的船队。刘道规望见桓玄的船，带头冲杀过去，刘毅、何无忌紧随其后。当时正值仲夏，西南风刮得正猛，道规顺风放火，毅等人添柴助威，烧得长江上下烟雾弥漫。桓玄的战船多半着火，士兵乱作一团。桓玄慌忙换小船，还是把安帝带走了，逃回江陵。
部将殷仲文叛变投降刘裕，护送两位皇后回京。桓玄再回江陵时，众叛亲离，只好连夜出逃，想去汉中。南郡太守王腾之和荆州别驾王康产趁机把安帝接进南郡府，后来转到江陵。
益州刺史毛璩的侄子毛修之是桓玄的屯骑校尉，骗桓玄入蜀。桓玄信以为真往西走，到枚回洲时，上游漂来几艘丧船。船头站着个军官，跟修之对了个眼色，突然厉声喝问："来的船里有没有反贼？"修之不答，桓玄却哆嗦着说："朕是新天子，哪来的盗贼敢胡说八道！"死到临头还摆皇帝架子。话音未落，对面船上跳出两员将领，张弓搭箭射来。桓玄的宠臣万盖、丁仙期用身体挡箭，都被射倒。桓玄正惊慌时，几个人持刀跳上船，领头的正是刚才问话的军官。桓玄结结巴巴问："你、你们是什么人？敢冒犯天子！"军官冷笑："我们是来杀天子身边奸贼的！"说罢一刀劈下，桓玄人头落地。
这位军官是谁？正是益州督护冯迁。原来毛璩的弟弟毛璠当宁州刺史时病死了，毛璩派侄孙毛祐之和参军费恬扶灵柩回乡安葬，让冯迁护送。正好在江上遇见桓玄的船，毛修之使个眼色，他们就动了手。刚才放箭的两位，正是费恬和毛祐之。冯迁砍下桓玄的脑袋，抓住桓玄的儿子桓升，杀了桓家族人桓石康、桓浚，让毛修之带着桓玄的首级，押着桓升去江陵报捷。安帝封毛修之为骁骑将军，把桓升押到东市处决，下诏大赦天下，唯独不赦免桓氏一族。
桓玄的侄子桓振逃到华容浦，聚集了几千党羽。听说刘毅退守寻阳，就偷袭江陵城。桓谦也躲在沮川，带兵响应。江陵城里只有王腾之、王康产带着少量士兵防守，很快被攻破，两人战死。安帝当时还住在江陵行宫，桓振提刀闯进去要杀人，幸亏桓谦赶来劝阻才作罢。桓振装模作样给桓玄办丧事，桓谦带着百官朝见安帝，归还玉玺，把皇帝身边的侍从全换成自己人，接着又攻占了襄阳等地。
刘毅这帮人刚回到寻阳，满以为祸首桓玄已经伏诛，叛乱的火苗彻底熄灭，可以睡个安稳觉了。哪晓得死灰还能复燃，桓家又冒出两个余孽，冷不丁把江陵给占了。刘毅急得直跺脚，赶紧派何无忌、刘道规两员大将带兵讨伐。
大军刚到马头，就撞上桓谦派来的守军。两边刀光剑影干了一仗，桓谦的人马扛不住，败退下去。何无忌他们乘胜追击，直奔江陵。那桓振也是个狠角色，一面派心腹冯该在杨林设埋伏，自己带着大队人马在灵溪迎战。何无忌仗着先前胜仗，轻敌冒进，结果被敌军两头夹击，阵型瞬间冲得七零八落，只得狼狈撤退。
幸亏有个刘敬宣在后方筹备粮草、修造战船，及时给败军送来补给，何无忌他们才重新整编队伍，像受伤的老虎舔好伤口，又抖擞精神杀回去。
说起这刘敬宣，他本是刘牢之的儿子。当初桓玄作乱时，他逃到山阳想招兵买马讨逆，没成事；后来又跑到南燕借兵，燕主慕容德不肯发兵。这小子胆大，暗中联络青州豪强和鲜卑首领，打算偷袭燕国都城，事情败露只好南归。等他回来时，桓玄早被刘裕收拾了，刘裕先让他当晋陵太守，后来又提拔为江州刺史。这回听说刘毅要剿灭桓家残党，他早早就备好船只兵器随时支援——这段往事不说，诸位还真不知道里头有这么多弯弯绕。
得了生力军支援，何无忌、刘道规再度进兵夏口。刘毅也带着主力压上来，一举攻破鲁城。那边刘道规同样势如破竹，拿下偃月垒，两路人马会师后又攻克巴陵。军纪严明，秋毫无犯，士气高涨直逼马头。这时候桓振慌了神，竟挟持着安帝退守江津，派使者来谈条件：只要割让江州、荆州，就把皇帝还给你们——拿天子当筹码，这招可真够新鲜的！刘毅他们哪吃这套，断然拒绝。
正巧南阳太守鲁宗之起兵攻打襄阳，桓振不得不分兵回救，留下桓谦、冯该守江陵。那冯该守在豫章口，被刘毅打得落花流水，桓谦见势不妙弃城逃跑。刘毅大军长驱直入拿下江陵，把桓玄的党羽卞范之等人统统抓起来砍了脑袋。
安帝当时还在江陵，倒没被桓振带走。刘毅进宫面圣，皇帝拉着他的手好一番慰劳，把善后事宜全权交给他处理。刘毅正要乘胜追击，忽然探子来报：桓振回援江陵途中听说老巢丢了，部下全作鸟兽散，这厮自己躲到涢州去了。
没过多久，桓振又纠集残兵偷袭江陵。将军刘怀肃早得了消息，半路设伏，一个冲锋就把桓振给宰了。这桓振本是桓家后辈里最凶悍的将领，他一死，桓氏余党基本完蛋，只剩桓谦几个逃到后秦去了。
安帝改年号义熙，大赦天下。诏书里特意写明：桓谦等首恶不赦，唯独赦免桓冲的孙子桓胤，让他迁居新安延续香火——这桓冲是桓玄的叔父，当年对晋朝有大功，封过丰城公。刘裕在京城接到捷报，安排刘毅、刘道规留守夏口，派何无忌护送皇帝回銮。安帝的龙驾从江陵出发，浩浩荡荡回到建康。文武百官跪在宫门外请罪，皇帝下诏一律官复原职。接着大封功臣：头功自然是刘裕，其次是刘毅、何无忌、刘道规。那诏书写得文绉绉的，大意是说：
"朕德行浅薄，遭此国难。逆贼桓玄欺天罔地，篡位乱政，害得祖宗基业差点断绝，朕就像掉进万丈深渊。多亏上天降下刘裕这等英杰，忠义昭日月，神武冠当世，振臂一呼四海响应……"后头又是一大堆封官许愿的话，给刘裕加封车骑将军、都督中外诸军事，刘裕却连连上表推辞。朝廷再授他录尚书事，他还是不肯接受，非要回地方驻守。安帝拗不过，最后改派他都督荆、司等七州军事，刘裕这才接受，返回丹徒驻防。其他将领也各有封赏：刘毅当左将军，何无忌当右将军，刘道规为辅国将军，连并州刺史魏咏之这些人都升了官。
这里头有段插曲：早年刘毅在刘敬宣手下当过参军，当时人都夸刘毅是豪杰，刘敬宣却私下说："别看他表面豁达，骨子里最记仇。要是哪天得势，保准要骑到主上头上惹祸。"这话传到刘裕耳朵里，一直记着。后来论功行赏时，刘毅跑去跟刘裕嘀咕："敬宣又没参与起义，当个郡守已经便宜他了，现在居然要当江州刺史？这么搞，那些拼过命的将士们心都凉了！"刘裕故意拖着不办。刘敬宣听说后，主动上表辞官，最后改任宣城内史。
后来刘毅和何无忌分头清剿桓玄残党，把桓亮、符玄这些小喽啰收拾干净，荆湘江豫全境平定。朝廷让刘毅都督淮南五郡兼豫州刺史，何无忌都督江东五郡兼会稽内史。这下刘毅尾巴翘到天上去了，眼睛长在头顶，看谁都不顺眼。有诗为证：
平心静气方成器，狂妄自大难担纲。 古训铭心须谨记：满招损来谦受益。
转过年来，朝廷又追叙讨逆功劳，再次封赏功臣。欲知后事如何，咱们下回分解。
起义师入京讨逆 迎御驾报绩增封
却说刘裕既商定密谋，遂与何无忌托词出猎，号召义徒。共得百余名，最著名的约二十余人，除何无忌、刘毅外，姓名如左：
刘道怜即刘裕弟。魏咏之 魏欣之咏之弟。 魏顺之欣之弟。 檀凭之 檀祗隆凭之弟。 檀道济凭之叔。 檀范之道济从兄。 檀韶凭之从子。 刘藩刘毅从弟。 孟怀玉孟昶族弟。 向弥 管义之 周安穆 刘蔚 刘珪之蔚从弟。 臧熹 臧宝符熹从弟。 臧穆生熹从子。 童茂宗 周道民 田演 范清
这二十余人各具智勇，充作前队。何无忌冒充敕使，一骑当先，扬鞭入丹徒城，党徒随后跟入。桓修毫不觉察，闻有敕使到来，便出署相迎，无忌见了桓修，未曾问答，即拔出佩刀，把修杀死。随与徒众大呼讨逆，吏士惊散，莫敢反抗。刘裕也驰入府署，揭榜安民，片刻即定。当将桓修棺殓，埋葬城外。召东莞人刘穆之为府主簿，更派刘毅至广陵，嘱令孟昶刘道规，即日响应。
昶与道规，伪劝桓弘出猎，以诘旦为期。翌日昧爽，昶等率壮士数十人，佇待府署门前，一俟开门，便即驰入。弘方在啜粥，被道规持刃直前，劈破弘脑，死于非命。当即收众渡江，来会刘裕。
徐州司马刁弘，闻丹徒有变，方率文武佐吏，来至丹徒城下，探问虚实，裕登城伪语道：“郭江州已奉戴乘舆，反正寻阳，我等奉有密诏，诛除逆党，今日贼玄首级，已当晓示大航。诸君皆大晋臣，无故来此，意欲何为？”刁弘等信为真言，便即退去。
可巧刘道规、孟昶等自广陵驰至，众约千人，裕即令刘毅追杀刁弘。待毅归报，又令毅作书与兄，即遣周安穆持书入京，促令起事。原来毅兄刘迈留官建康，桓玄令迈为竟陵太守，整装将发。既得毅书，踌躇莫决。安穆见迈怀疑，恐谋泄罹祸，匆匆告归，连王元德、辛扈兴、童厚之等处也未及报闻。迈计无所出，意欲夤夜下船，赴任避祸。忽由桓玄与书，内言北府人情，未知何如？近见刘裕，亦未知彼作何状，须一一报明。此书寓意，乃俟迈抵任后，令他禀报。偏迈误会书义，还道玄已察裕谋，不得不预先出首。这叫作贼胆心虚。遂不便登舟，坐以待旦，一俟晨光发白，即入朝报玄。
玄闻裕已发难，不禁大惧，面封迈为重安侯。迈拜谢退朝，偏有人向玄谮迈，谓迈纵归周安穆，未免同谋。玄乃收迈下狱，并捕得王元德、辛扈兴、童厚之三人，与迈同日加刑。一面召弟桓谦，及丹阳尹卞范之等，会议拒裕，谦请从速发兵，玄欲屯兵覆舟山，坚壁以待。经谦等一再固请，始命顿邱太守吴甫之，右卫将军皇甫敷，北遏裕军。
裕闻桓玄已经发兵，也锐意进取，自称总督徐州事，命孟昶为长史，守住京口。集得二州义旅，共千七百人，督令南下。且嘱何无忌草檄，声讨玄罪。
无忌夜作檄文，为母刘氏所窥，且泣且语道：“我不及东海吕母，王莽时人。汝能如此，我无遗恨了！”兄弟之仇，不可不报。至无忌檄已草就，翌晨呈入。裕即令颁发远近，大略说是：
夫成败相因，理不常泰，狡焉肆虐，或值圣明。自我大晋，屡遘阳九，隆安以来，隆安为晋安帝嗣位时年号。国家多故，忠良碎于虎口，贞贤毙于豺狼。逆臣桓玄，敢肆陵慢，阻兵荆郢，肆暴都邑。天未忘难，凶力繁兴，逾年之间，遂倾里祚，主上播越，流幸非所，神器沈辱，七庙毁坠。虽夏后之罹浞殪，有汉之遭莽卓，方之于玄，未足为喻。自玄篡逆，于今历年，亢旱弥时，民无生气，加以士庶疲于转输，文武困于版筑，室家分析，父子乖离，岂惟大东有杼轴之悲，摽梅有倾筐之怨而已哉！仰观天文，俯察人事，此而可存，孰为可亡？凡在有心，谁不扼腕？裕等所以椎心泣血，不遑启处者也，是故夕寐宵兴，搜奖忠烈，潜构崎岖，险过履虎，乘机奋发，义不图全。辅国将军刘毅，广武将军何无忌，镇北主簿孟昶，兖州主簿魏咏之，宁远将军刘道规，龙骧参军刘藩，振威将军檀凭之等，忠烈断金，精白贯日，荷戈奋袂，志在毕命。益州刺史毛璩，万里齐契，扫定荆楚。江州刺史郭昶之，奉迎主上，宫于寻阳。镇北参军王元德等，并率部曲，保据石头。扬武将军诸葛长民，收集义士，已据历阳。征虏参军庾颐之，潜相连结，以为内应。同力协规，所在蜂起，即日斩伪徐州刺史安城王桓修，青州刺史桓弘。义众既集，文武争先，咸谓不有统一，则事无以辑。裕辞不获命，遂总军要，庶上凭祖宗之灵，下罄义夫之力，翦馘逋逆，荡清京华。公侯诸君，或世树忠贞，或身荷爵宠，而并俯眉猾竖，无由自效，顾瞻周道，宁不吊乎！今日之举，良其会也。裕以虚薄，才非古人，受任于既颓之连，接势于已替之机，丹忱未宣，感慨愤激，望霄汉以永怀，盼山川以增伫，投檄之日，神驰贼廷。檄到如律令！
观檄中所载，如毛璩以下，多半是虚张声势，未得实情。郭昶之何曾反正，王元德并且被诛。就是诸葛长民，亦未能据住历阳，不过讹以传讹，也足使中土向风，贼臣丧胆。桓玄自刘裕起兵，连日惊惶，或谓裕等乌合，势必无成，何足深惧？玄摇首道：“刘裕为当世英雄，刘毅家无担石，樗蒱且一掷百万，何无忌酷似若舅，共举大事，怎得说他无成呢？”恐亦惭对令正。果然警报频来，吴甫之败死江乘，皇甫敷败死罗洛桥，那刘裕军中，只丧了一个檀凭之，进战益厉。玄急遣桓谦出屯东陵，卞范之出屯覆舟山西，两军共计二万人。裕至覆舟山东，令各军饱餐一顿，悉弃余粮，示以必死。刘毅持槊先驱，裕亦握刀继进，将士踊跃随上，驰突敌阵，一当十，十当百，呼声动天地。凑巧风来助顺，因风纵火。烟焰蔽天，烧得桓谦、卞范之两军，统变成焦头烂额，与鬼为邻。桓谦、卞范之，后先骇奔，裕复率众力追，数道并进。玄已料裕军难敌，先遣殷仲文具舟石头，为逃避计。至是接桓谦败耗，忙令子升策马出都，至石头城外下舟，浮江南走。裕得乘胜长驱，直入建康。
京中已无主子，由裕出示安民，且恐都人惶惑，徙镇石头城，立留台，总百官，毁去桓氏庙主，另造晋祖神牌，纳诸太庙。更遣刘毅等追玄，并派尚书王嘏，率百官往迎乘舆。一面收诛桓氏宗族，使臧熹入宫，检收图籍器物，封闭府库。司徒王谧本系桓玄爪牙，玄篡位时，曾亲解安帝玺绶，奉玺授玄。当时大众目为罪魁，劝裕诛谧，偏裕与谧有旧，少年孤贫时，尝由谧代裕偿债，至此不忍加诛，仍令在位。未免因私废公。谧又向裕贡谀，愿推裕领扬州军事。裕一再固辞，令谧为侍中，领扬州刺史，录尚书事，谧更推裕都督八州，扬、徐、兖、豫、青、冀、幽、并。兼徐州刺史，裕乃受任不辞。令刘毅为青州刺史，何无忌为琅琊内史，孟昶为丹阳令，刘道规为义昌太守，所有军国处分，均委任刘穆之。仓猝立办，无不允惬。
惟诸葛长民愆期未发，谋泄被执，刁逵尚未得建康音信，把长民羁入槛车，派使解京。途次闻桓玄败走，建康已为刘裕所据，那使人乐得用情，即将长民放出，还趋历阳。历阳军民，乘机起事，围攻刁逵。逵溃围出走，凑巧遇着长民，兜头截住，再经城中兵士追来，任你刁逵如何逞刁，也只好束手受缚，送入石头，饮刀毕命！
桓玄逃至寻阳，刺史郭昶之，供玄乘舆法物，可见刘氏前次檄文，纯系虚声。玄仍自称楚帝，威福如故。嗣闻刘毅等率军追来，将到城下，玄又惊惶失措，急遣部将庾雅祖、何澹之堵住湓口，自挟一主即晋安帝。二后，一系穆帝后何氏，一系安帝后王氏。西走江陵。刘毅与何无忌、刘道规诸将，至桑落洲，大破何澹之水军，夺湓口，拔寻阳，遣使报捷。刘裕因安帝西去，乃奉武陵王司马遵为大将军，入居东宫，承制行事。再饬刘毅等西追桓玄。
玄至江陵，收集荆州兵，有众二万，复挟安帝东下。行抵峥嵘洲，正值刘毅各军，扬帆前来。刘道规望玄船，麾众先进，刘毅、何无忌，鼓棹随行。此时正是仲夏天气，西南风吹得甚劲，道规乘风纵火，毅等亦助薪扬威，烧得长江上下，烟雾迷濛。玄所督领诸战舰，多半被焚，部卒大乱。玄慌忙改乘小舟，仍将安帝挟去，遁还江陵。
部将殷仲文叛玄降刘，奉晋二后还京。玄再返江陵，人情离叛，没奈何乘夜出奔，欲往汉中。南郡太守王腾之，荆州别驾王康产，奉安帝入南郡府，寻迁江陵。
益州刺史毛璩有侄修之，为玄屯骑校尉，诱玄入蜀。玄依言西行，至枚回洲，适上流来了丧船数艘，船首立着一员卫弁，与修之打了一个照面，便厉声呼道：“来船中有无逆贼？”修之不答，桓玄却颤声说道：“我是当今新天子，何处盗贼，敢来妄言！”此时还想称帝，太不自量。道言未绝，那对船上又跳出二将，拈弓搭矢，飞射过来，玄嬖人万盖、丁仙期，挺身蔽玄，俱被射倒。玄正在惊惶，突有数人持刀跃入，为首的正是对船卫弁。便骇问道：“汝……汝等何人？敢犯天子！”卫弁即应声道：“我等来杀天子的贼臣！”说至此，即用刀劈玄，光芒一闪，玄首分离。看官道卫弁为谁？原来是益州督护冯迁。
益州毛璩有弟毛璠，为宁州刺史，在任病殁。璩使兄孙祐之，及参军费恬，扶榇归葬，并派冯迁护丧。恰巧中流遇着玄船，由修之传递眼色，便一齐动手，杀死贼玄。看官不必细问，就可知对船发矢的二将，便是费恬、毛祐之了。冯迁既枭玄首，执住玄子桓升，杀死玄族桓石康、桓浚，令毛修之赍献玄首，及槛解桓升，驰诣江陵。安帝封毛修之为骁骑将军，诛升东市，下诏大赦，惟桓氏不原。
玄从子桓振，逃匿华容浦中，招聚党徒，得数千人，探得刘毅等退屯寻阳，即袭击江陵城。桓谦亦匿居沮川，纠众应振。江陵城内，只有王腾之、王康产二人守着，士卒无多，径被两桓掩入。腾之、康产战死。安帝尚寓居江陵行宫，振持刀进见，意欲行弑。还是桓谦驰入劝阻，方才罢手，下拜而出。为玄举哀发丧，谦率百官朝谒安帝，奉还玺绶，所有侍御左右，一律撤换，改用两桓党羽，乘势攻取襄阳等城。
刘毅等还居寻阳，总道是元凶就戮，逆焰消除，可以高枕无忧，哪知死灰复燃，复有两桓余孽，袭取江陵。急忙令何无忌、刘道规二将，进讨两桓。师至马头，已由桓谦派兵扼住。两下里杀了一场，谦众败退。无忌、道规，直趋江陵。桓振令党徒冯该，设伏杨林，自率众逆战灵溪，无忌恃胜轻进，被贼军两路杀出，冲断阵势，大败奔还。幸亏刘敬宣聚粮缮船，接济无忌、道规，复得成军，蹶而复振。
敬宣即刘牢之子，前时逃往山阳，拟募兵讨玄，未克如愿。再往南燕乞师，南燕主慕容德，不肯发兵。敬宣潜结青州大族，及鲜卑豪酋，谋袭燕都，事泄还南。时玄已败死，走归刘裕，裕令为晋陵太守，寻又迁授江州刺史。他因刘毅等讨玄余党，所以筹备舟械，随时接应。补笔不漏。
无忌、道规得此一助，再进兵夏口。毅亦督军随进，攻入鲁城。道规亦拔偃月垒，复会师进克巴陵。号令严整，沿途无犯，再鼓众至马头。桓振挟安帝出屯江津，遣使请和，求割江、荆二州，奉还天子。以皇帝为交换品，却是奇闻。毅等不许。会南阳太守鲁宗之，起兵袭襄阳，振还军与战，留桓谦、冯该守江陵。谦遣该守豫章口，为毅等击败，谦弃城遁走。毅等驰入江陵，擒住逆党卞范之等，一并枭斩。
安帝时在江陵，未被桓振挟去。毅得入行宫谒帝，由帝面加慰劳，一切处置，悉归毅主持。毅正拟追剿两桓，适振回救江陵，在途闻城已失守，众皆骇散，振亦只好逃匿涢州。既而召集散众，复袭江陵，为将军刘怀肃所闻，伏兵邀击，一鼓诛振。振为桓氏后起悍将，至此毙命，桓氏遗孽垂尽，惟桓谦等奔入后秦。
安帝改元义熙。再下赦书，除桓谦等不赦外，独赦桓冲孙胤，徙居新安，令存桓冲宗祀，保全功臣一脉。冲系桓玄叔父，有功晋室，封丰城公，详见《两晋演义》。刘裕闻报，使刘毅、刘道规留屯夏口，命何无忌奉帝东归。安帝乃自江陵启銮，还至建康。百官诣阙待罪，有诏令一并复职。授琅琊王司马德文为大司马，武陵王司马遵为太保，且封赏功臣，首刘裕，次及刘毅、何无忌、刘道规。诏敕有云：
朕以寡昧，遭家不造，越自遘闵，属当屯极。逆臣桓玄，垂衅纵慝，穷凶恣虐，滔天猾夏，诬罔神人，肆其篡乱，祖宗之基既湮，七庙之飨胥殄，若坠渊谷，未足斯譬。皇度有晋，天纵英哲，都督扬、徐、兖、豫、青、冀、幽、并、江九州诸军事镇军将军徐、青二州刺史刘裕，忠诚天亮，神武命世，用能贞明协契，义夫向臻，故顺声一唱，二溟卷波，英风振路，宸居清翳。冠军将军刘毅，辅国将军何无忌，振武将军刘道规，舟旗遄迈，而元凶传首，回戈叠挥，则荆汉雾廓。俾宣元之祚，永固于嵩岱，倾基重造，再集于朕躬。宗庙歆七百之祐，皇基融载新之命。念功惟德，永言铭怀，固已道冠开辟，独绝终古，书契以来，未之前闻矣。虽则功高靡尚，理至难文，而崇庸命德，哲王攸先者，将以弘道制治，深关盛衰，故伊望膺殊命之锡，桓文飨备物之礼，况宏征不世，顾邈百代者，宜极名器之隆，以光大国之盛。而镇军谦虚自衷，诚旨屡显，朕重逆仲父，乃所以愈彰德美也。镇军可进位侍中车骑将军都督中外诸军事，使持节徐、青二州刺史如故。显祚大邦，启兹疆宇，特此诏闻！
这诏下后，裕上表固辞。再加录尚书事，裕又不受，且乞请归藩。安帝不允，遣百僚敦劝，裕仍然固让，入朝陈情，愿就外镇，乃改授裕都督荆、司、梁、益、宁、雍、凉七州，并前十六州诸军事，仍守本官，裕始受命，还镇丹徒。封刘毅为左将军，何无忌为右将军，分督豫州、扬州军事，刘道规为辅国将军，督淮北诸军事。余如并州刺史魏咏之以下，皆加官进爵有差。
先是刘毅尝为刘敬宣参军，时人推毅为雄杰，敬宣道：“有非常的材具，必有非常的度量，此君外宽内忌，夸己轻人，设使一旦得志，亦恐以下陵上，自取危祸呢。”为后文刘裕杀毅张本。裕闻敬宣言，尝引以为憾。及得授方镇，遂使人白刘裕道：“敬宣未与义举，授为郡守，已觉过优，擢置江州，更足令人骇惋，恐猛将劳臣，不免因此懈体呢。”裕迟迟不发。敬宣得知消息，心不自安，乃表请解职，因召还为宣城内史。刘毅再与何无忌，分道出讨桓玄余党，所有桓亮、符玄等小丑，一概诛灭，荆、湘、江、豫皆平。晋廷命毅都督淮南五郡，兼豫州刺史。何无忌都督江东五郡，兼会稽内史。毅自是益骄，免不得目空一切，有我无人了。小子有诗叹道：
平矜释躁始成才，器小何堪任重来！
古有一言须记取，谦能受益满招灾。
过了一年，追叙讨逆功绩，又有一番封赏，待小子下回说明。
桓玄一乱，而刘裕即乘九而起，是不啻为渊驱鱼，为丛驱雀，玄死而裕贵，玄固非鹯即獭也。大抵枭桀之崛兴，其始必有绝大之功业，足以耸动人心，能令朝野畏服，然后可以任所欲为，潜移国祚于无形。莽懿之徒，无不如是。裕为莽懿流亚，有玄以促成之，玄何其愚，裕何其智耶！至于安帝返驾，封赏功臣，裕为功首，而再三退让，成功不居。周公恐惧流言日，王莽谦恭下士时，假使当年身便死，一生真伪有谁知？”我读此诗，我更有以窥刘裕矣。